这是一个关于小男孩尼尔斯的故事。尼尔斯出生在一个比较贫穷的家，他很顽皮，不听父母的话，还经常捉弄小动物们。有一次，他不小心触犯了小狐仙，从而变成了拇指小人儿。院子里的动物们都反过来嘲笑尼尔斯，没有一个动物愿意帮助他。
这时，家里的雄鹅莫顿受不住诱惑，想与大雁一起飞行，尼尔斯怕父母伤心，抱住了莫顿，却被它带上了天空，与大雁往南飞。
刚开始，雁群首领阿卡和大雁们并不同意带着尼尔斯这个人类一起飞行。自从有一次，尼尔斯冒着生命危险从狐狸斯密尔口中救下一只大雁，使其脱离危险之后，尼尔斯便和大雁们成了朋友。在路上，它们发生了许多奇妙的事情，比如在乌鸦国赶走狐狸斯密尔，帮助国王在莫顿被杀前带它逃离；把松鼠宝宝带给松鼠妈妈，让她在笼子里不再焦急。
在这些事情中，尼尔斯在动物身上学到了许多好品质，动物之间互相帮助，互相谦让，遇到危险会奋不顾身，让尼尔斯在这趟旅行中受益匪浅，拥有了一颗善良的心。动物们都原谅了他，小狐仙知道后就把尼尔斯变回原来的样子，而他也不再捉弄小动物们了，开始善待它们。
